Das BBL in seiner heutigen Form wurde 1999 anlässlich einer Verwaltungsreform geschaffen. Der Bundesrat teilte das damalige Amt für Bundesbauten (AFB) auf und führte die zivilen Bundesbauten in der Schweiz und im Ausland mit der Eidgenössischen Drucksachen und Materialzentrale (EDMZ) sowie verschiedenen Stabstellen des Bundes zusammen. Das auf diese Weise neu entstandene Bundesamt für Bauten und Logistik (BBL) wurde aus dem Eidgenössischen Departement des Innern (EDI) ins Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) umgesiedelt. Die Verantwortung für die Gebäude, Anlagen und Grundstücke der Armee übernahm die armasuisse im Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS). Für die Bauten der beiden Eidgenössisch Technischen Hochschulen (ETH Zürich und EPF Lausanne) und der zugehörigen Forschungsanstalten ist seither der ETH-Rat zuständig.