Die Organisationseinheit Controlling unterstützt die Leitung des BBL, die Verwaltungseinheit zu planen, zu steuern und zu kontrollieren. Im Controlling laufen die Zahlen zusammen und es geht darum, finanziell sicherzustellen, dass der Auftrag des BBL und die Leistungen erbracht werden können. Dabei steht beim Bund vor allem die Planung und das Einhalten der Kredite im Vordergrund.